De acuerdo con las investigaciones hechas en diferentes archivos históricos de nuestra ciudad capital, se sabe que San Pedro Quiatoni fue fundada después de Mitla por los zapotecos en alrededor del año 980, por grupos indígenas zapotecas quedaron en esta región resguardando y cubriendo el territorio de los avances de la guerra.
La historia nos habla de tres reyes zapotecas que se destacaron en la guerra, estos fueron:

Zachila I, fundador del lugar del mismo nombre, que combatió a los mixes y chontales, aliado con los mixtecos, dominando hasta Tehuantepec;

Zachila II, que continua en guerra con los citados grupos aborígenes. 

Zaachila III, por ultimo, que se enfrenta a los mixtecos y a los mexicas, siendo vencido, dejando guarniciones en diferentes lugares, posteriormente subió al trono

Cosijoeza continuando en guerra, siendo Mitla centro de reuniones religiosas, posesionados en esta región, buscaron un lugar céntrico del territorio que tenían conquistado para fundar el pueblo en que hoy vivimos. Después de la conquista le fue expedido por el Gobierno colonial su titulo primordial de propiedad en el año 1537.

Fuente: Remembranza de Quiatoni. (Máximo Martínez Zarate
y el comité municipal de usos y costumbres)