De acuerdo con las investigaciones hechas en diferentes archivos históricos de nuestra ciudad capital, se sabe que San Pedro Quiatoni fue fundada después de Mitla por los zapotecos en alrededor del año 980, por grupos indígenas zapotecas quedaron en esta región resguardando y cubriendo el territorio de los avances de la guerra. La historia nos habla de tres reyes zapotecas que se destacaron en la guerra, estos fueron: Zaachila I, fundador del lugar del mismo nombre, que combatió a los mixes y chontales, aliado con los mixtecos, dominando hasta Tehuantepec; posteriormente, Zaachila II, que continua en guerra con los citados grupos aborígenes. Sucédele Zaachila III, que se enfrenta a los mixtecos y a los mexicas, siendo vencido, dejando guarniciones en diferentes lugares, posteriormente subió al trono Cosijoeza continuando en guerra, siendo Mitla centro de reuniones religiosas, posesionados en esta región, buscaron un lugar céntrico del territorio que tenían conquistado para fundar el pueblo en que hoy vivimos. Después de la conquista le fue expedido por el Gobierno colonial su título primordial de propiedad en el año 1537.CIVILIZACIÓN ZAPOTECA. Los grupos zapotecos a través de los siglos, se desarrollaron en territorios definidos con una civilización común, antecedentes para los otros grupos que venían del norte de origen náhuatl y para los del sur de origen maya. En el valle de Oaxaca tenían como punto de reunión dos centros religiosos: Monte Alban y Mitla; posteriormente se aliaron con los mixtecos mostrando el avance de su cultura, quienes tenían como centro ceremonial Mitla Los grupos zapotecos se consideraron como grupos intermedios entre las culturas maya, náhuatl, tolteca y olmeca.